Crkva i klaustar

• 1483. godine započeta je gradnja postojeće crkve Gospe od Milosti u gotičko-renesansnom stilu u smjeru istok –zapad na kojoj se ističe veliki portal. U njegovoj luneti je kip Bogorodice s djetetom (glavu malog Isusa raznio je puškom pripadnik Komunističke partije), a sa strane se nalaze likovi sv. Frane i sv. Ante; u vrhu portala je velika ploča s dva reljefna anđela koji drže Kristov monogram IHS; uz portal je uzidana kameno bogata ukrašena škropionica; na gornjem dijelu pročelja stoji velika rozeta,te njegov trokutni zabat obrubljuje bogato klesani vijenac u vrhu s razlistalim akroterijem; svod unutrašnjosti crkve je u gotičkom stilu, a završava apsidom te predstavlja tipično rješenje franjevačke crkve izduljene lađe s tri prozora na bokovima crkve što je gotičko rješenje za osvjetljenje
• 1533. godine crkva je dovršena i posvećena na čast Uznesenja slavne Djevice Marije na nebo. Crkvu je posvetio korčulansko-stonski biskup Nikola; unutar crkve se nalazi pet oltara, a na južnom zidu nalazi se neoklasicistički oltar sv. Frane.
• 1457. izrađeno je kasnogotičko raspelo tzv. badijski drveni križ koje se danas nalazi na Orebiću, a zbog kojeg se na otok Badiju stoljećima  hodočastilo.
• 1529. godine sagrađen je oltar sv. Ivana Krstitelja
• 1571. Turci pod vodstvom Alije Uluza s Badije odnose zvona i pale crkvu i samostan
• 1660. gusari iz neretvanske doline
  pljačkaju samostan na Badiji i odnose zlatninu i srebrninu
• 1661. gusari iz Ulcinja odveli u roblje četiri redovnika s Badije koje su otkupili građani Korčule
• 1724. godine dovršen je glavni oltar u baroknom stilu koji je nekoliko puta obnavljan, a na njemu dominiraju četiri evanđelista koji podupiru zemaljsku kuglu na kojoj vlada Krist, a na krajevima oltara su kipovi sv. Frane i svete Klare; na sjevernom zidu crkve je bio pozlaćeni renesansni drveni oltar Velike Gospe od Otoka s kamenom menzom I predoltarnikom od raznobojnog mramora i imao je rezbareni, pozlaćeni retabl s dva kanelirana stupa korintskhih kapitela i reljefni prikaz Boga Oca u trokutu atike te udubljenje za bizantsku ikonu Bogorodice. Ova ikona je na glasu od 1571. kad joj je pripisan spas Korčule od turske vojske. Uza stupove je imao niše s kipovima sv. Frane i sv. Marka (koji su tu bili do 1950.) Sa sjeverne strane nalazi se barokni ulaz izrađen u mramoru koji vodi u kapelu Sv. Križa sagrađenu 1769. godine u kojoj se nalazi najveći oltar u Dalmaciji izrađen od bijelog I plavog mramora u baroknom stilu kojeg je krasio impresivni badijski drveni križ
• 1800. Izrađene su crkvene orgulje
• 1950. fra Leon Krivić služio je posljednju misu u crkvi i nije prihvatio prodaju Badije tadašnjoj komunističkoj državi kada je preneseni važni inventar crkvene ostavštine u Korčulu, Orebić, Dubrovnik, Zadar…

Kapela Sv. Križa

Umjetnina koja je u franjevačkom samostanu privlačila najviše pažnje je čudotvorna skulptura Krista na križu s likovima Marije, Ivana i Magdalene. Izradio ga je splitski kipar Juraj Petrović 1457.

Kako bi se križ mogao izložiti na istaknutiji način redovnici su došli na ideju izgradnje nove kapele. Prikupljanje novca za njezinu gradnju počinje još 1691. Korčulanski biskup preporučuje milodare za gradnju ove kapele čija gradnja počinje 1729. prema cjelovitom projektu velikog arhitekte Giorgija Masarija iz Venecije. Gradnja kapele je privedena kraju 1760., a križ je prenesen u kapelu s velikom procesijom 25.VII.1763.

Dovršenjem kapele Sv. Križa samostan je postao važno hodočasničko mjesto za šire područje Dalmacije.

U kapeli Sv. Križa dominira najmonumentalniji mramorni oltar u Dalmaciji. U lučnoj niši oltara je bila smještena grupa s raspelom uz koju su visjele stotine zavjetnih pločica. Danas se poznati badijski križ nalazi u crkvi Gospe od Anđela na Orebiću.

Badija, tlocrt samostanskog sklopa (Josip Belamarić)